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移動式水體DNA過濾裝置在從大量水的過濾（流淌或停滯）中回收水生生物的DNA方面非常有效。只需對池塘、溪流和湖泊等水體進行采樣、過濾，就可以有效捕獲水生生態系統中的這部分DNA。過濾膠囊過濾器可用于高濁度水，過濾水量可達100升。